バッチファイルなどをショートカットで非表示実行する。

バッチファイルなどのショートカットのプロパティで、
「実行時の大きさ」を「非表示」にすることは出来ません。
しかし、スクリプトからは可能です。

以下のVBSファイルにショートカットファイルをドロップします。

HideLink.vbs ショートカットファイル

set wshell=createobject("wscript.shell")
set lnk=wshell.createshortcut(wscript.arguments.item(0))
lnk.windowstyle=0
lnk.save

ショートカットのプロパティで設定を変更すると、リセットされるので注意。
そのときはもう一度。