常駐のWSHスクリプトを外部からの指示で終了する。
常駐のWSHスクリプトを、強制終了は避けて、なおかつ外部からの指示で終了するには、WScript.Timeoutを操作すればよいのです。
例えば、WScitptオブジェクトの参照を外部に渡すのも、ひとつの方法です。
その他に、IEなど、アウトプロセスサーバのイベント出口を使う方法もあります。
例えば、以下のスクリプトを実行して、出てきたIEを閉じると、スクリプトも終了します。
Set ie=WScript.CreateObject("InternetExplorer.Application","IE_")
ie.Visible=True
MsgBox "waiting..."
Sub IE_OnQuit()
WScript.Timeout=1
End Sub