ADODB.Streamを使って、UTF-8 の BOM を除去する。

UTF-8 に BOM があれば、削除して、書き戻します。

utf8-bom.vbs ファイル...

Option Explicit
Const adTypeBinary=1
Const adTypeText=2
Const adSaveCreateOverWrite=2
Dim Path
Dim Src
Dim BOM
Dim Buf

Set Src=CreateObject("ADODB.Stream")
Src.Open
Src.Type=adTypeText
Src.Charset="utf-8"
Src.WriteText ""
Src.Position=0
Src.Type=adTypeBinary
BOM=CStr(Src.Read(3))

For Each Path In WScript.Arguments
  Src.LoadFromFile Path
  Buf=CStr(Src.Read(3))
  If Buf=BOM Then
    Buf=Src.Read(-1)
    Src.Position=0
    Src.Write Buf
    Src.SetEos
    Src.SaveToFile Path,adSaveCreateOverWrite
  End If
Next
Src.Close
Set Src=Nothing