Vistaの「リンク」は、用途別に３分割されました。

ツールバーの「リンク」は、「お気に入り」の中の「リンク」です。
C:\Users\%username%\Favorites\リンク
shell:Favorites\リンク
実行ファイルへのショートカットを入れます。

IEの「お気に入りバー」は、「お気に入り」の中の「お気に入りバー」です。
C:\Users\%username%\Favorites\Links
shell:Favorites\Links
インターネットショートカットを入れます。

エクスプローラの「お気に入りリンク」は、これまた別です。
C:\Users\%username%\Links
shell:Links
フォルダへのショートカットを入れます。