PowerShellでは、MTAで、$ie.document.parentwindowが見えない。

STAでは見えます。なので、PowerShell_ISEで見えます。

ps1ファイルでは、MTAならSTAで起動し直します。

if([Threading.Thread]::CurrentThread.GetApartmentState() -eq "MTA"){
  PowerShell -Sta -File $MyInvocation.MyCommand.Path
  exit
}
$ie=new-object -com InternetExplorer.Application
$ie.visible=$true
$ie.navigate("about:blank")
while($ie.busy -or ($ie.readystate -ne 4)){sleep 1}
$ie.document.parentwindow.focus()

あるいは、ScriptControlで逃げます。

$ie=new-object -com InternetExplorer.Application
$ie.visible=$true
$ie.navigate("about:blank")
while($ie.busy -or ($ie.readystate -ne 4)){sleep 1}
$sc=new-object -com scriptcontrol
$sc.language="vbscript"
$sc.addobject("ie",$ie)
$sc.executestatement("ie.document.parentwindow.focus()")